冷却系统是真空镀膜设备中保障安全运行的次要但关键的系统。蒸发源、扩散泵、磁控靶以及真空室壁都需要冷却水带走热量。冷却系统的失效会导致设备过热损坏，甚至引发火灾。
冷却系统的核心是循环水路，包括水泵、水箱、换热器以及连接管路的阀门和传感器。操作人员每日上班时应该检查冷却水的压力和流量。压力表指针应在正常范围内，流量计显示水流畅通。如果压力偏低，可能是水泵效率下降或管路中有泄漏；如果流量明显减小，可能是过滤器堵塞或阀门开度过小。
冷却水的水质管理非常重要。使用自来水或未经处理的河水，其中的钙镁离子会在管路内壁形成水垢，降低换热效率。长期使用后，水垢可能堵塞细小的管路通道，导致局部断流。建议使用软化水或去离子水，并定期更换水箱内的水。对于开放式循环系统，每月应检测一次水的电导率或硬度，超过指标时需要换水。
管路中的过滤器需要定期清洗。冷却水中可能携带泥沙、藻类或金属碎屑，过滤网拦截这些杂质后会被堵塞。清洗过滤网时，先关闭相关阀门，释放管路压力，取出滤网用清水冲洗，去除附着物，然后重新安装。清洗频率取决于水质状况，一般每季度清洗一次较为合适。
冷却水的温度也需要监控。进水温度过高会降低冷却效果，通常要求在室温附近或略低。如果进水温度超过上限，可能是换热器散热不良或环境温度过高。此时需要检查换热器的散热片是否积灰，风机是否正常运转。对于水冷式换热器，检查冷却塔或冷水机组的运行状态，确认制冷剂压力和流量正常。
管路中的密封件和接头是容易忽略但重要的检查点。软管接头在长期振动中可能松动，导致渗水。轻微的渗水会形成水垢堆积，严重时则直接滴漏到电气部件上，造成短路。操作人员应定期巡视管路，用手触摸接头处，感受是否有潮湿。发现渗水立即拧紧接头或更换密封垫圈。
当设备发出水温过高报警时，操作人员应首先检查冷却水泵是否运行，水阀门是否全部打开。然后用手触摸回水管路，感知水温是否确实过高。如果是因为外界温度升高导致的冷却能力不足，可以临时使用冷水补充或加大风扇转速。在报警消除之前，不宜继续镀膜工艺，因为高温下的蒸发源和扩散泵可能损坏。
冬季气温较低时，设备停机后冷却水可能结冰膨胀，损坏管路和水泵。在寒冷地区，可以在停机前排尽管路中的余水，或者向水中添加防冻剂，但需要注意防冻剂不得与镀膜材料发生反应。长期停用的设备，冷却水泵应定期启动运行几分钟，防止轴承卡死。
建立冷却系统的运行记录，记下每次检查时的水压、流量、温度以及任何异常的发现。通过对比历史数据，可以提前发现性能衰减的趋势，例如流量逐渐减小可能是管路内部污垢积累的信号，及时清洗可以避免突发故障。
